Việc các hãng hàng không phải cung cấp thông tin của hành khách (thông tin PNR) khi triển khai Cơ chế một cửa quốc gia đường hàng không là nội dung mới lần đầu triển khai theo Quyết định 43/2017/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Cũng vì lí do mới nên các hãng hàng không sẽ được triển khai theo lộ trình.
Cục Hải quan Hà Nội là đơn vị đầu tiên trên cả nước triển khai Cơ chế một cửa quốc gia đường hàng không. Đến nay, tất cả các hãng hàng không đã thực hiện cung cấp thông tin điện tử tới Cổng thông tin một cửa quốc gia (48 hãng hàng không, và 3 kho hàng không).
Tuy nhiên, theo Cục Hải quan Hà Nội, việc triển còn một số vướng mắc. Liên quan đến nội dung cung cấp thông tin đặt chỗ của hành khách (thông tin PNR) theo quy định tại Quyết định 43/2017/QĐ-TTg ngày 26/9/2017 của Thủ tướng Chính phủ, trong thời gian qua, một số hãng hàng không như: Hãng hàng không Singapore, Hãng hàng không SilkAir, Hãng hàng không All Nippon Airway, Hãng hàng không Thái Airway, Hãng hàng không Air Asia.. về việc đề nghị được lùi thời gian thực hiện gửi thông tin PNR tới Cổng thông tin một cửa quốc gia đến năm 2018. Lí do các hãng đưa ra là chưa kịp nâng cấp hệ thống công nghệ thông tin.
Do đây là nội dung mới lần đầu triển khai, nên các hãng hàng không cần thời gian chuẩn bị sẵn sàng các yêu cầu về mặt thông tin, kỹ thuật để có thể gửi đến Cổng thông tin một cửa quốc gia. Chính vì vậy, Tổng cục Hải quan đã báo cáo Ủy bản chỉ đạo về Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia và tạo thuận lợi thương mại cho phép triển khai theo lộ trình. Tổng cục Hải quan sẽ thông báo thời điểm và kế hoạch triển khai cụ thể trong thời gian tới.
Bên cạnh đó, hiện nay vẫn còn tình trạng một số hãng hàng không, đơn vị được ủy quyền (Dịch vụ mặt đất, kho hàng không) gửi thông tin điện tử đến Cổng thông tin một cửa quốc gia chậm hoặc thiếu.
Các hãng hàng không cũng gặp khó khăn trong việc kiểm tra, theo dõi kết quả khai báo thông tin, đặc biệt đối với trường hợp ủy quyền cho đơn vị khác thực hiện…
Để khắc phục vướng mắc, Cục Hải quan Hà Nội đã đề xuất Tổng cục Hải quan các giải pháp khắc phục như: Xây dựng bổ sung chức năng cho phép doanh nghiệp, người làm thủ tục tra cứu, theo dõi kết quả khai báo trên Cổng thông tin một cửa quốc gi; hệ thống có chức năng thống kê, cảnh báo đối với các trường hợp gửi chậm, không gửi hoặc gửi sai thông tin theo quy định; tăng cường kiểm tra và đôn đốc việc gửi thông tin khai báo đối với các cảng hàng không, hãng hàng không, dịch vụ mặt đất và kho hàng không…
Cũng liên quan đến việc triển khai Cơ chế một cửa quốc gia đường hàng không, mới đây, Tổng cục Hải quan cũng có văn bản gửi các Bộ: Công an; Giao thông vận tải; Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Y tế thống nhất một số nội dung về kế hoạch thực hiện.
Theo đó, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Công an sẽ tăng cường phối hợp với Bộ Tài chính để triển khai phương án kết nối hệ thống với Cổng thông tin một cửa quốc gia để thực hiện Cơ chế một cửa quốc gia đường hàng không theo đúng quy định tại Quyết định 43/2017/QĐ-TTg..
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Y tế, Bộ Công an, Bộ Giao thông vận tải sẽ thực hiện việc tiếp nhận, khai thác thông tin liên quan đến tàu bay, hành khách, tổ bay, hàng hóa tại Cổng thông tin một cửa quốc gia (thông qua chức năng rút gọn).
 khi triển khai Cơ chế một cửa quốc gia đường hàng không){kind=link}